件名のとおりです。
Mackerelには詳細なスタートアップガイドがあるけど、elastic beanstalkのebextensionsでの設定までは公式にない。
検索したら下記のgistがでてくるけど、微妙にふるいのかrpmのURLが違ってたので更新しました。
参考
https://gist.github.com/hakobera/897fd96ba2d3c7b112a6
http://qiita.com/inouet/items/e8b39962c0de0f866531
2015年11月5日現在うごいたやつ。
これを
02-mackerel.config
とかリネームし、
.ebextensions以下に配置して
eb deploy
でいけます。